Story
Das Spiel beginnt damit, dass Lara zu ihrer ersten Expedition an Bord des Schiffes Endurance aufbricht, mit der Absicht, das verlorene Königreich Yamatai zu finden. Auf ihren Vorschlag und gegen Whitmans Rat wagt sich die Expedition in das Drachendreieck, östlich von Japan. Das Schiff wird von einem heftigen Sturm getroffen und von einem Schiffbruch heimgesucht, so dass die Überlebenden auf einer isolierten Insel festsitzen. Lara wird von den anderen getrennt und von einem seltsamen, wilden Mann gefangen genommen. Sie schafft es, zu entkommen, während ihr Entführer getötet wird, während die Höhle aufgrund ihrer Handlungen einstürzt. Als Lara versucht, die anderen Überlebenden zu finden, findet sie mehr Beweise dafür, dass die Insel bewohnt ist, wie seltsame Schnitzereien, Leichen und Tieropfer. Sie findet schließlich ihren Freund Sam und einen Mann namens Mathias, der behauptet, ein Lehrer zu sein, der auf der Insel Schiffbruch erlitten hat. Als Sam Mathias die Legenden von Himiko erzählt, wird Lara ohnmächtig; als sie aufwacht, sind Mathias und Sam nirgendwo zu sehen. Als Lara sich mit den anderen Überlebenden wieder zusammenfindet, beschließt Whitman, mit Lara zu gehen und nach dem noch fehlenden Roth zu suchen, während der Rest der Gruppe (Reyes, Jonah, Alex und Grim) sich auf den Weg machte, um Sam und Mathias zu finden. Während Lara und Whitman erkunden, entdecken sie, dass die Bewohner der Insel Himiko anbeten, was bestätigt, dass die Insel Yamatai ist. Als sie einen Schrein entdecken, der im Namen Himikos errichtet wurde, werden sie von den Inselbewohnern gefangen genommen und zusammen mit mehreren anderen Überlebenden der Ausdauer in eine Siedlung gebracht. Wenn die Überlebenden eine Flucht versuchen, wenden sich die Entführer gegen sie. Lara ist von Whitman getrennt und versucht sich zu verstecken, wird aber von einem der Inselbewohner gefunden und gezwungen, ihn zu töten. Sie kämpft gegen den Rest der Angreifer, vereint sich wieder mit Roth und rettet ihn vor einem Wolfsangriff.
Lara schafft es, einen Funkturm zu aktivieren und um Hilfe zu rufen, aber das Flugzeug, das den Anruf entgegennimmt, wird von einem Freaksturm getroffen, und Lara hört eine mysteriöse Stimme, die auf Japanisch “Niemand geht” sagt. Lara kann die überlebenden Piloten nicht retten und wird von Alex und Reyes kontaktiert, die enthüllen, dass Sam von den Inselbewohnern entführt wurde, einem gewalttätigen Kult, der als Solarii-Bruderschaft bekannt ist. Lara versucht, sie zu retten, wird aber von Mathias, dem Anführer der Solarii, aufgehalten und getötet: Sie wird durch einen Angriff von samuraiähnlichen Oni gerettet. Als sie dem alten Kloster entkommt, in das sie von den Oni gebracht wird, hört sie von Sam, dass Mathias sie durch den “Aufstieg” führen wird, ein “Feuerritual”, um die nächste Sonnenkönigin zu finden, die sie zu Tode verbrennen wird, wenn es erfolglos ist. Lara folgt ihnen zur Solarii-Festung und wird von Grim unterstützt. Die Solarii nehmen Grims Geisel, aber er opfert sich, damit Lara entkommen kann. Mit Roths Hilfe infiltriert Lara die Festung und sieht, wie das Ritual beginnt. Als die Feuer entzündet werden, bläst ein großer Wind sie aus und zeigt Sam, dass er die nächste Sonnenkönigin ist. Lara entkommt wieder und trifft sich wieder mit ihren Freunden und bildet einen Plan, um Sam zu retten und zu entkommen. Mit Unterstützung von Whitman, der es geschafft hat, einen gewissen Grad an Freiheit mit der Solarii-Lara auszuhandeln, kehrt in den Palast zurück, um Sam zu retten, während Roth einen Hubschrauber beschlagnahmt, um sie herauszuholen. Lara gelingt, überredet Sam aber, auf dem Landweg zu fliehen, als sie sieht, dass sich ein weiterer Sturm sammelt, während sich der Hubschrauber nähert. Als Lara versucht, den Hubschrauberpiloten zur Landung zu zwingen, werden sie zu Boden gebracht, wobei Lara fast im Sterben liegt. Roth belebt Lara und erleidet dann einen tödlichen Schlag von Mathias, der für Lara bestimmt ist. Während er Roth trauert, akzeptiert Lara, dass die Stürme nicht natürlich sind, sondern irgendwie mit der Sonnenkönigin verbunden sind und verhindern sollen, dass jemand die Insel verlässt. Sie trifft sich mit den anderen Überlebenden, die den Solarii lange genug entkommen sind, um ein Boot zur Flucht aus der Insel zu sichern, sofern es repariert werden kann. Zu ihnen gesellt sich Whitman, der behauptet, entkommen zu sein, obwohl Lara anfängt, ihn der Arbeit mit den Kultisten zu verdächtigen. Lara und Alex finden Teile für das Boot im Wrack der Endurance. Sie werden von den Solarii angegriffen und Alex löst eine Explosion aus und opfert sich, damit Lara mit den Werkzeugen entkommen kann.
Lara findet einen Bericht über eine wissenschaftliche Expedition des japanischen Militärs und der Nazis auf die Insel, die einen Weg suchte, die Stürme als Waffe zu nutzen, und beschließt, ein Küstengrab zu erkunden, wo sie die Überreste eines Samurai-Generals findet, der Seppuku begangen hat. Es offenbart sich in einer Botschaft, die er hinterlassen hat, dass er die Sturmgarde der Königin, die Oni, die das Kloster verteidigen, geführt hat, und dass der Nachfolger der Königin ihr Leben genommen hat, anstatt die Macht der Sonnenkönigin zu erhalten. Lara erkennt, dass der Aufstieg keine Zeremonie ist, um eine neue Königin zu krönen, sondern ein Ritual, das die Seele der ursprünglichen Sonnenkönigin in einen neuen Körper überträgt; die Sonnenkönigin hatte gelernt, effektiv unsterblich zu werden, indem sie ihre Seele jedes Mal, wenn sie alt wurde, in den Körper eines jungen Mädchens überträgt. Der Selbstmord der letzten Priesterin hatte das Ritual unterbrochen und die Seele der Königin in ihrem alten, verfallenen Körper gefangen gelassen, und Himikos Geist wollte seitdem dieser Leiche entkommen. Als Nachkomme von Yamatai ist Sam ein geeigneter Kandidat, und Mathias plant, Sam als neuen Gastgeber im Austausch für seine Freiheit anzubieten. Lara kehrt zu den Überlebenden am Strand zurück, um festzustellen, dass Whitman sie verraten hat, Sam entführt und sie Mathias übergeben hat. Lara, Jonah und Reyes jagen, einen Fluss hinauf zum Kloster, wobei Lara gerade noch rechtzeitig ankommt, um zu sehen, wie Mathias Whitman sich dem Oni nähert und mit ihm spricht: Der Oni tötet Whitman. Nachdem sie sich sowohl durch die Solarii als auch durch die Sturmgarde gekämpft hat, erreicht Lara die Spitze des Klosters, wo Mathias das Aufstiegsritual durchführt. Lara kämpft sich zur zentralen Plattform, und nach einem Kampf schlägt sie Mathias von der Plattform bis zu seinem Tod. Symbolisch tut sie dies sowohl mit ihrer Pistole als auch mit seiner Pistole in einem Dual-Wield-Stil, der später zu einer ihrer Unterschriften werden wird. Trotz Mathias’ Tod ist das Ritual bereits im Gange, wobei Himikos Seele beginnt, in Sam zu fließen, aber Lara zerstört dann Himikos alte Überreste, rettet Sam und verteilt die Stürme. Lara, Sam, Reyes und Jonah verlassen dann die Insel und werden von einem Frachtschiff abgeholt: Als sie nach Hause segeln, erkennt Lara, dass die mythischen Geschichten, die ihr Vater ihr erzählt hat, mehr als Geschichten waren, indem er sich entschied, noch nicht nach Hause zurückzukehren, und der Bildschirm verblasst mit der Proklamation “A Survivor is Born” zu weiß.