Story
Nachdem Sonic Dr. Robotnik am Ende von Sonic the Hedgehog 2 besiegt hat, stürzt seine Raumstation, das Todesei, auf einer mystisch schwebenden Landmasse namens Angel Island (oder einfach “the Floating Island”, wie es im Spielhandbuch genannt wird) ab. Als Dr. Robotnik beginnt, die beschädigte Station zu reparieren, trifft er auf Knuckles the Echidna, das letzte überlebende Mitglied einer alten Zivilisation von Echidnas, die einst die Insel bewohnten. Er ist auch der Hüter des Master Emerald, der der Insel ihre Schwebekraft verleiht.
Zu wissen, dass Sonic and Tails versuchen wird, ihn aufzuspüren, und zu erkennen, dass er den Master Emerald benutzen kann, um das Schiff zu betreiben, Dr. Robotnik täuscht Knöchel in den Glauben, dass Sonic versucht, seinen Smaragd zu stehlen. Kurz darauf sind Sonic und Tails in ihrem Doppeldecker, dem Tornado, auf der Suche nach Dr. Robotnik. Sonic, im Besitz der Smaragde aus den Ereignissen von Sonic 2, dann verwandelt sich in Super Sonic. Sobald sie ankommen, überfällt Knuckles Sonic aus dem Untergrund und schlägt die Chaos Smaragde von ihm und bringt ihn wieder in den Normalzustand. Knuckles stiehlt die Smaragde und verschwindet im Landesinneren. Während Sonic and Tails durch die Levels reisen, begegnen sie Knuckles in fast jeder Stufe und behindern ihren Fortschritt.
Im letzten Level, der Launch Base Zone, startet das Death Egg zum zweiten Mal, schlägt Knöchel von einer Stange und lässt ihn ins Wasser fallen. Sonic reist zu einer Plattform auf dem Totenei, kämpft und besiegt Robotnik zum letzten Mal. Das Todesei wird beschädigt gesehen und fällt nach Robotniks Niederlage, danach stürzt es wieder auf die Angelinsel ab – und führt in die zweite Hälfte der Geschichte von Sonic & Knuckles.