Story
Sonic Adventure spielt auf Angel Island, einer Insel, die über der Erde schwebt. Der Herrscher des alten Echidna-Stammes, Pachacamac, plant eine Weltherrschaft. Seine Tochter Tikal betritt einen Schrein und entdeckt die Chaos Smaragde und den Meister Smaragd, eine Gruppe von mysteriösen Smaragden mit unbegrenzter Macht. Sie freundet sich mit einem friedlichen Wesen an, das als Chaos bekannt ist, dem Hüter der Smaragde und dem Chao. Trotz Warnungen von Tikal greifen Pachacamac und der Stamm den Schrein an und versuchen, die Smaragde für ihren eigenen Gewinn zu nutzen. Allerdings verwandelt sich das Chaos in ein perfektes Chaos und tötet es. Nach dem Angriff des Chaos versiegelt Tikal das Wesen und sich selbst im Inneren des Meister Smaragds.
Dreitausend Jahre später bewacht Knöchel die Echidna den Meister Smaragd auf der schwimmenden Engelsinsel, als der böse Wissenschaftler Doktor Ivo “Eggman” Robotnik den Meister Smaragd zerschmettert und das Chaos befreit. Infolgedessen taucht Angel Island ins Meer und lässt die Splitter des Meister Smaragds und die sieben Chaos Smaragde verstreuen. Knuckles beschließt, nach den Scherben des Meister Smaragds zu suchen und macht sich auf den Weg. In der Stadt Station Square bekämpft Sonic the Hedgehog das Chaos, nachdem er Zeuge eines Angriffs der Polizei geworden ist. Miles “Tails” Prower testet sein mit Chaos Emerald angetriebenes Flugzeug, nur um am Strand der Emerald Coast zu landen. Nachdem Sonic Tails gerettet hat, gehen sie in seine Werkstatt in den Mystic Ruins, wo sie mit Eggman konfrontiert werden. Der verrückte Wissenschaftler benutzt den Smaragd von Tails’ Emerald, um das Chaos zu transformieren, und er enthüllt seinen ultimativen Plan: Mit der Kraft der Smaragde wird das Chaos schließlich unbesiegbar und zerstört den Station Square und Eggman wird Robotnikland über den Ruinen der Stadt bauen. Sonic and Tails beschließt, nach den Smaragden zu suchen, um zu verhindern, dass Eggman sie zuerst bekommt, aber schließlich die, die sie finden, an Eggman und Chaos verliert. Eggman entkommt in seinem Luftschiff, dem Eierträger, und schießt das Verfolgungsflugzeug von Sonic and Tails ab.
Eggman aktiviert E-102 Gamma und bekämpft E-101 Beta während seines Trainings. Er befiehlt dem Rest der Roboter der E-Serie, nach Froggy zu suchen, einem Frosch, der Chaos’ Schwanz gegessen hat, sowie einem Chaos Smaragd. Gamma findet Froggy, wird aber von Froggy’s Besitzer Big the Cat zum Schiff zurückgeschickt. Nach seinem Crash findet Tails einen weiteren Smaragd und bereitet damit das Tornado II Flugzeug darauf vor, Sonic zu finden, während Sonic wieder im Station Square landet. Während sie ihre Zeit mit Sonic beklagt, entdeckt Amy Rose einen flickigen Vogel im Besitz eines Chaos Smaragds und nennt ihn Birdie. Eggman, der Birdie’s Standort entdeckt hat, schickt jedoch seinen Roboter Zero los, um den Flicky zu verfolgen. Nachdem Sonic ein Angebot zum Schutz von Birdie abgelehnt hat, fängt Zero Amy und Birdie ein und hält sie beide auf dem Eierträger fest, wobei Sonic and Tails den Tornado II benutzt, um ihnen an Bord zu folgen. Knöchel steigen auch an Bord des Flugzeugs, nachdem sie Stücke des Master Emerald gesammelt und ein Bild des Eierträgers im Smaragd gesehen haben.
An Bord des Eierträgers ruft Eggman die Roboter der E-Serie nach ihrem Ausfall und entfernt sie, bevor er Gamma in Amys Zelle stationiert. Allerdings sieht Gamma, wie Beta wieder aufgebaut wird und Amy überzeugt Gamma, dass er nicht für Eggman arbeiten sollte, da er ein Feind ist. In einer Verwirrung neu entdeckter Emotionen veröffentlicht Gamma Amy und Birdie. Während Amy von Zero verfolgt wird, geht sie zum Schiffsdeck. Sie trifft sich mit Sonic and Tails, aber Eggman erscheint und stiehlt Birdie’s Smaragd und schickt Gamma, um Sonic anzugreifen. Sonic beschädigt Gamma, aber Amy greift ein und bittet Sonic, ihn zu schonen. Gamma, der versteht, dass Eggman ein Feind ist, beschließt, den anderen zu folgen. Das Schiff verliert an Höhe und Tails, Amy und Gamma fliehen, während Sonic das Schiff wieder in seine ursprüngliche Form bringt. Sonic wird mit Chaos konfrontiert, jetzt mit sechs Chaos Smaragden und seinem Schwanz wiederhergestellt, und besiegt ihn erneut, bevor er Eggman verfolgt. In der Zwischenzeit holt Big Froschgy aus dem Chaos, bevor er den Tornado II findet, und Knuckles stiehlt die sechs Chaos-Smaralds zurück; sie fliehen beide aus dem Schiff, wenn es abstürzt.
Nachdem Gamma seine Master-Registrierung gelöscht hat, beschließt er, seine Bruder-Roboter aufzuspüren. Nachdem er die Tiere in den Robotern befreit hat, geht er zum Eierträger und konfrontiert Beta in seiner wiederaufgebauten Form. Gamma besiegt ihn, aber der Kampf führt auch dazu, dass Gamma zerstört wird, wobei Birdie’s Eltern aus dem Inneren der beiden befreit werden. Zurück zum Eierträger, vereint Amy Birdie wieder mit seiner Familie, aber sie wird mit Zero konfrontiert, nachdem er den Flicky niedergeschlagen hat. Amy besiegt den Roboter und sieht Birdie und seine Familie weg und schwört, ihr Bestes zu geben. Anderswo verfolgt Tails Eggman und hält ihn davon ab, eine Rakete in der Mitte des Bahnhofsplatzes zu zünden. Eggman greift darauf zurück, den Eierwanderer zu benutzen, um die Stadt zu leveln, wird aber wieder von den Schwänzen besiegt. Später konfrontiert Sonic den verrückten Wissenschaftler in seiner Eierviper und zerstört sie.
Einen Tag nach den Niederlagen von Eggman stellt Knuckles die Scherben des Meister-Smarald wieder her, aber Angel Island stürzt wieder ins Meer ein, als Chaos ihn und Eggman angreift. Chaos absorbiert die 6 Chaos-Smaralds und lokalisiert den siebten an Bord der Tornado II, die abgestürzt ist, nachdem Big sie zur Flucht vor dem Eierträger benutzt hatte. Mit all den Chaos-Smaralds verwandelt sich Chaos in perfektes Chaos, entzieht den Chaos-Smaralds ihre negative Energie und zerstört den Bahnhofsplatz in einer massiven Flut. Die Chaos Smaragde werden durch Schwänze, Knöchel, Amy, Big und das rosa Flicky, das Gamma befeuert hat, wieder gesammelt. Sie bringen die Smaragde zu Sonic.
Tikal erscheint, nachdem er zuvor jede Hauptfigur mehrmals in die Vergangenheit mitgenommen hat und fordert, dass das Chaos im Meister Smaragd versiegelt werden muss. Schallobjekte, die sagen, dass Chaos’ Herz immer noch von Wut und Traurigkeit erfüllt sein würde, wenn er im Meister Smaragd versiegelt würde. Stattdessen, mit dem Jubel seiner Freunde und der Leute vom Station Square, nutzt Sonic die immer noch vorhandene positive Energie der Chaos Smaragde, um Super Sonic zu werden und sich gegen Perfect Chaos zu behaupten. Nach seiner Niederlage entdeckt Chaos, dass das Chao auf dem Bahnhofsplatz gedeiht und seine Wut unterdrückt. Zusammen mit Tikal steigt das Chaos in den Himmel auf und verschwindet. Das Spiel endet mit Sonic, der einem fliehenden Eggman nachjagt.