Story
Am 6. Juni 1996 (1991 in den japanischen Versionen) wird eine biologische Waffe namens Luzifer-Alpha, die sich in Chernoton, Russland, in der Entwicklung befindet, in die Atmosphäre entlassen, was zum Tod von 80% der eurasischen Bevölkerung führt, was wiederum zum Tod der Hälfte der Weltbevölkerung führt. Das kontaminierte Gebiet wird für ein Jahrzehnt unbewohnbar, wenn Luzifer-Alpha in eine nicht tödliche Form übergeht. Dieses tragische Ereignis wird später als “die Katastrophe” bezeichnet. Fünfzig Jahre später, 2047 (2042 in den japanischen Versionen), tauchte auf der künstlichen Insel Neo Kobe City eine Art von künstlichen Lebensformen oder Bioroiden auf, die als “Snatchers” bekannt sind, die ihre Opfer töteten und ihren Platz in der Gesellschaft einnahmen. Niemand weiß genau, was sie sind oder woher sie kommen. Als Gillian Seed, ein Amnesist, der für eine Anti-Snatcher-Task Force namens J.U.N.K.E.R. arbeitet, ist es das Ziel des Spielers, die Quelle der Snatchers aufzuspüren und Gillians mysteriöse Verbindungen zu entdecken. Die Geschichte spielt in drei Akten.