Rockman EXE Operate Shooting Star

Story

Das Spiel hat die gleiche Geschichte des Originals, der einzige Unterschied ist die Hinzufügung von zwei Ereignissen im Zusammenhang mit der Mega Man Star Force Serie:

Im Prolog wird Harp Note von ClockMan.EXE (einem NetNavi, der durch die Zeit reisen kann, indem er Warplöcher erzeugt) entführt, der in die Mega Man Battle Network-Ära 200 Jahre in der Vergangenheit flüchtet. Dr. Goodall bereitet ein Warploch vor, damit der Star Force Mega Man ihnen folgen kann, und warnt ihn, dass er nur zu seiner Zeit zurückkehren kann, wenn er ClockMan findet.

Nach dem Kampf gegen ElecMan.EXE erfasst ClockMan Roll.EXE, und MegaMan.EXE sucht nach ihr im Internet, nachdem er gehört hat, dass ein seltsames blaues Navi in der Gegend war. Als er den Star Force Mega Man sieht, glaubt MegaMan.EXE, dass er derjenige ist, der Roll gefangen hat und gegen ihn kämpft, aber später merkt, dass er unschuldig ist und die beiden sich zusammenschließen, um gegen ClockMan zu kämpfen. Nach dem Sieg über ClockMan kehren Mega Man (SF) und Harp Note in ihre Zeit zurück, und Mega Man (SF) gibt MegaMan.EXE ein Programm, mit dem der Spieler ihn und seinen Battle Chip benutzen kann.

Eine zusätzliche Szene wurde während des Abspannes hinzugefügt, in dem der Star Force Mega Man und Harp Note erfolgreich zu ihrer Timeline zurückkehren, wo sie von ihren Freunden begrüßt werden, obwohl Luna nicht allzu gern die beiden zusammen gesehen hat.