Story
Nach den Ereignissen von Mortal Kombat: Armageddon, sowohl die Kräfte des Lichts als auch der Dunkelheit wurden ausgelöscht, wobei nur noch der Donnergott Raiden und Shao Kahn ihre Parteien vertreten. Ein stark geschwächter Raiden wird von Shao Kahn getötet, wirft aber in letzter Minute einen Zauber auf sein jetzt zerbrochenes magisches Amulett und weist es an, sich mit der vagen Botschaft “Er muss gewinnen” in Verbindung zu setzen.
Während der Veranstaltungen des ersten von Shang Tsung veranstalteten Turniers sieht die vergangene Version von Raiden Visionen von der Zukunft eines jetzt geknackten Amuletts. Raiden kommt zunächst zu dem Schluss, dass Kämpfer Liu Kang das Turnier gewinnen und das Erdreich vor der Außenwelt retten soll. Wichtige Charaktere wie Johnny Cage, Sonya Blade, Jax Briggs, Sektor, Cyrax, Nightwolf, Kitana, Jade und Sub-Zero werden vorgestellt, letztere werden vom Höllenspawn Scorpion ermordet. Mit der Zeit bleibt Liu Kang der einzige Weltmeister und besiegt Shang Tsung und den Shokan Prinzen Goro. Raidens Amulett verschlechtert sich jedoch weiter, ein Zeichen dafür, dass die zukünftigen Ereignisse unverändert bleiben. Enttäuscht vom Scheitern von Shang Tsung ordnet Shao Kahn seine Hinrichtung an, gibt aber nach, als der Zauberer vorschlägt, das zweite Turnier in der Außenwelt abzuhalten. Raiden weigert sich zunächst, ist aber gezwungen, nachzugeben, als Shang Tsung droht, die Armeen der Außenwelt auf das Erdreich loszulassen.