Story
Der Basissektor Zero der Galaktischen Föderation wird von Space Pirates angegriffen. Samus muss den Generator hochfahren, um die Verteidigungssysteme wiederherzustellen. Aber am Ende ihres Weges wartet jemand Schreckliches auf sie. Der von Dark Samus und den Space Pirates initiierte Krieg tobt über viele Planeten, während sie versuchen, jeden mit Phazon-Samen zu verderben. Spieler nutzen die Wii-Fernbedienung und das Nunchuk, um fremde Landschaften zu erkunden, nach Waffen und Informationen zu suchen und die Samen zu zerstören. Die Planeten vor der Korruption zu retten, ist jedoch nicht genug. Schließlich müssen die Spieler Samus’ Todfeind, den dunklen Samus, besiegen. Neben dem Einsatz der Wii-Fernbedienung und des Nunchuk-Controllers zum Zielen und Sprengen in der Luft oder bei vollem Lauf stehen den Spielern auch verschiedene Waffen zur Verfügung.