Story
Das Spiel beginnt damit, dass Samus Aran als Bodyguard für das Forschungsteam von Biologic auf dem Planeten SR388 fungiert. Schließlich konfrontiert sie ein Hornoad und wird von Samus getötet. Ein kugelförmiger gelber Organismus (ein X) taucht jedoch aus dem Hornoad auf, wenn er zerstört wird und in den Körper von Samus eindringt.
Samus spürt keine ersten Auswirkungen, begleitet die Forscher weiter und schließt den Auftrag ab. Auf dem Weg zurück ins Labor verliert Samus jedoch das Bewusstsein, und ihr Kampfschiff stürzt in einen Asteroidengürtel. Die Notfallsysteme des Schiffes warfen Samus’ Fluchtkapsel automatisch aus und retteten sie vor dem Absturz, aber ihr Kampfhubschrauber ist komplett zerstört. Samus wird schnell von einer medizinischen Crew betreut, die herausfindet, dass die Kreatur, die auf SR388 in ihren Körper eindrang, eigentlich ein parasitärer Organismus war, den sie bald X nannten.
Samus infiziert 2
Samus, infiziert von den X Parasiten.
Die organischen Komponenten von Samus’ Power Suit waren so in ihr System integriert, dass sie nicht mehr entfernt werden konnten, während sie bewusstlos war. Große Teile ihres infizierten Anzuges mussten operativ entfernt werden, was sein Aussehen dramatisch veränderte. Das X im zentralen Nervensystem von Samus war jedoch zu eingebettet, um sicher entfernt zu werden; Samus’ Überlebenschancen waren geringer als ein Prozent.
Metroiden sind das einzige bekannte Raubtier des X; da Samus jedoch alle Metroiden auf SR388 in einer früheren Mission zerstört hat, konnten sich die X ungehindert vermehren. Da dies der Schlüssel zu ihrer Heilung war, schlugen Ärzte vor, eine Metroid-Zelle von Samus’ totem Baby Metroid zu verwenden, um einen Anti-X-Impfstoff herzustellen. Anscheinend hatte die Föderation es geschafft, eine Zellkultur vor dem Baby zu bewahren, das Samus gerettet hat, während sie ein zweites Mal auf Zebes war. Das Serum wurde ohne Verzögerung hergestellt und injiziert, wodurch das X vollständig eliminiert wurde: Samus konnte von normalem X nicht mehr verletzt werden und konnte sie sogar absorbieren, um Gesundheit und Munition wieder aufzufüllen, aber sie erbte auch die Kälteanfälligkeit der Metroiden.
Nach der Bergung wird Samus zur Untersuchung einer Explosion auf der Forschungsstation der Biologic Space Laboratories geschickt, wo die Exemplare von SR388 und die infizierten Teile ihres Power Suits aufbewahrt werden. Als sie am Bahnhof ankommt, geht Samus sofort in die Quarantänebucht, wo sie einen Hornoad trifft und tötet, der von einem X-Parasiten infiziert wurde. Samus spricht mit dem Computer ihres neuen Kampfhubschraubers (den sie “Adam” genannt hat, da er sie an einen ehemaligen CO erinnert) und erfährt, dass die vom Feldteam mitgebrachten Exemplare vom X infiziert wurden. Der Computer zeigt auch, dass das X die DNA seiner Beute benutzen kann, um eine perfekte Kopie zu erstellen, was bedeutet, dass jedes organische Leben auf der Station ebenfalls infiziert sein kann.
SA-X 1
Der SA-X.
Während sie die Station weiter erkundet, entdeckt Samus, dass die X die infizierten Teile ihres Power Suits benutzt haben, um eine Kopie von Samus selbst zu erstellen, die SA-X (oder Samus Aran-X) genannt wird. Seitdem die SA-X aus Samus’ voll ausgebautem Power Suit hervorgegangen ist, hat sie alle ihre Power-Up-Fähigkeiten, wie es durch die Verwendung einer Power-Bombe zur Flucht aus der Quarantäne-Bucht bewiesen wird. Durch die Explosion der Bombe zerstörte die SA-X auch die Kapseln mit den X-Proben und gab sie alle in die Station frei. Bei der Untersuchung der Station stolpert Samus über das Restricted Lab der Einrichtung. Hier findet sie Dutzende von Säuglings-Metroiden und einige weitere Metroiden in verschiedenen Stadien der Reife, alle in Stasis; dies waren die Ergebnisse eines Klonierungsprojekts, von dem Samus bisher nichts wusste. Kurz nachdem Samus sie entdeckt hat, versucht die SA-X, ihre Raubtiere zu vernichten, aber ihr Plan geht nach hinten los: Die Metroiden brechen aus und die Notfallsicherung wird aktiviert. Samus entkommt kaum, bevor das Labor komplett abschließt und aus der Station abgeworfen wird und über SR388 explodiert.
Nach dem Vorfall im Restricted Lab spricht Samus mit ihrem Schiffscomputer, der über die Entdeckung und anschließende Zerstörung der Metroiden wütend ist. Der Computer erklärt, dass die Föderation heimlich an einem Metroid-Zuchtprogramm für “friedliche Anwendungen” gearbeitet hat. Der Computer zeigt, dass die SRX-Umgebung der Station, eine Nachbildung des SR388-Ökosystems, ideal war, um Alpha, Gamma, Zeta und sogar Omega-Metroiden aufzuziehen. Die Forschung deckte Techniken für schnelles Wachstum auf, so dass ein Säugling in wenigen Tagen zu einem Omega Metroid heranwachsen konnte. Leider hatte die SA-X Samus aufgespürt und ist ihr zum Labor gefolgt. Zu Samus’ Überraschung erwähnt der Computer auch, dass sich die SA-X asexuell vermehrt hat und nicht weniger als 10 an Bord der Station sind.
Später teilt der Computer Samus mit, dass sie genug Schaden angerichtet hat und weist sie an, den Rest der Untersuchung der Föderation zu überlassen. Anscheinend hat sich die Föderation für das X und SA-X interessiert und glaubt, dass diese Lebensform endlose Anwendungsmöglichkeiten hat. Samus, der die zerstörerischen Fähigkeiten der SA-X aus erster Hand gesehen hat, ist dagegen. Sie ist überzeugt, dass das X die Truppen der Föderation überwältigen wird, sobald sie landen, und dabei ihre Kräfte und ihr Wissen aufsaugen wird. Wenn das passiert, könnten sie sich leicht in der ganzen Galaxie ausbreiten und die “galaktische Zivilisation wird enden”.
Als Alternative beschließt Samus, den Selbstzerstörungsmechanismus der Station zu aktivieren, um das X zu zerstören und dabei ihr eigenes Leben zu riskieren. Ihr Schiffscomputer hat Samus jedoch in einen Navigationsraum gesperrt, da die Föderation ihm befohlen hat, sie bis zu ihrer Ankunft einzusperren. Verzweifelt schreit Samus den Computer an: “Lass sie das nicht tun. Kannst du nicht sehen, was passieren wird, Adam?” Verwirrt über die Verwendung des Namens fragt der Computer, wer dieser Adam war. Samus enthüllt, dass er ihr früherer kommandierender Offizier war und gestorben war, um ihr Leben zu retten. Offenbar von Samus’ Offenbarung bewegt, stimmt der Computer mit dem Plan überein und schlägt vor, dass Samus, wenn er die Umlaufbahn der Station ändern sollte, den Planeten in die Explosion mit einbeziehen könnte, um so die Zerstörung des X auf dem Planeten SR388 sowie derjenigen auf der Station sicherzustellen. An diesem Punkt erkennt Samus, dass der Computer ihres Schiffes wirklich Adam Malkovich ist, dessen Persönlichkeit vor seinem Tod auf einen Computer hochgeladen wurde.
Samus eilt in den Operationsraum, wo sie mit einem SA-X konfrontiert wird. Sie schafft es, ihn zu besiegen, aber sein Core-X entweicht, bevor sie ihn aufnehmen kann. Samus ignoriert seine Flucht, leitet die Selbstzerstörungssequenz ein und eilt zu ihrem Schiff zurück. Doch sie findet die Andockbucht in Trümmern und ihr Schiff ist weg. Bevor sie auf die Situation reagieren kann, erscheint eine Omega Metroid, die offenbar vor ihrer Zerstörung aus dem Restricted Lab geflohen und in Rekordzeit zu voller Größe gewachsen ist. Samus besitzt keine Waffe, die die Metroid beschädigen könnte, und ein einziger Schlag mit der Kralle reduziert ihre Energiereserven auf eine Einheit. Als die Omega Metroid sich darauf vorbereitet, sie fertig zu machen, kehrt die SA-X zurück und greift die Metroid mit ihrem Eisstrahl an und verletzt sie. Allerdings wurde sie durch den Kampf mit Samus stark geschwächt und wird schnell von der Metroid besiegt. Diesmal schwebt der Core-X über Samus, so dass sie ihn aufnehmen und den “Unnamed Suit” sowie den Ice Beam erhalten kann und ihren genetischen Zustand wiederherstellen kann. Mit ihren wiedergewonnenen Fähigkeiten kämpft und tötet Samus die Omega Metroid nach einem erbitterten Kampf. Nach der Schlacht betritt Samus’ Schiff wieder die Bucht, nachdem es vom Computer, Adam, und denselben Etecoons und Dachoras gesteuert wurde, die sie auf der vorherigen Mission nach Zebes und später auf dem Wohndeck gerettet hatte.
Als Samus die Station verlässt, wird gezeigt, wie er in SR388 abstürzt, sowohl die Station als auch den Planeten zerstört und das Universum für immer von dem X befreit.
Beim Nachdenken über ihre Taten bezweifelt Samus, dass die Menschen verstehen werden, warum sie das X zerstört hat, noch werden sie die Gefahr erkennen, die kaum abgewendet wurde. Samus glaubt, dass sie dafür verantwortlich gemacht wird, sich der Föderation zu widersetzen, aber Adam tröstet sie und sagt es ihr: “Mach dir keine Sorgen. Einer von ihnen wird es verstehen. Einer von ihnen muss.” Eine letzte Überlegung, sagt Samus weiter: “sind wir alle an unsere Erfahrungen gebunden. Sie sind die Grenzen unseres Bewusstseins. Aber am Ende wird die menschliche Seele immer nach der Wahrheit greifen…. Das hat mir Adam beigebracht.”