Story
Portable Ops findet 1970 statt, sechs Jahre nach Metal Gear Solid 3: Snake Eater. Es folgt dem Soldaten Naked Snake (David Hayter/Akio Ōtsuka), der gezwungen ist, seine ehemalige Einheit FOX zu bekämpfen, nachdem er eine Revolte in einer südamerikanischen Basis angestiftet hat. In seinem Kampf trifft er Roy Campbell (David Agranov/Toshio Furukawa), ein überlebendes Mitglied des Green Berets-Teams, das geschickt wurde, um die Affäre zu untersuchen. Snake’s ehemalige Teamkollegen, darunter sein befehlshabender Offizier Major Zero (Jim Piddock/Banjō Ginga), Para-Medic (Heather Halley/Houko Kuwashima) und Sigint (James C. Mathis III/Keiji Fujiwara), kehren als Support-Team zurück, da sie neben Snake wegen Verrats verdächtigt werden.
Der Hauptantagonist ist Gene (Steven Blum/Norio Wakamoto), der derzeitige Kommandant der FOX-Einheit, der versucht, eine eigene Militärnation aufzubauen. Er ist ein Produkt des Successor Project, das darauf abzielte, künstlich den perfekten Kommandanten nach dem Vorbild des Boss zu erschaffen. Er wird von Lt. Cunningham (Noah Nelson/Daisuke Gōri), einem Experten für Verhörmethoden, unterstützt. (der sich später als Doppelagent des Pentagons herausstellt, der den Ruf der CIA beschmutzen soll) Gene hat auch einen Protegé namens Elisa (Tara Strong/Saori Goto), der mit außergewöhnlichen psychischen Fähigkeiten ausgestattet ist, die das Ergebnis der Exposition gegenüber nuklearem Niederschlag während der Katastrophe von Kyschtym sein sollen. Elisa leidet an einer dissoziativen Identitätsstörung und hat eine zweite Persönlichkeit namens Ursula’ entwickelt, deren psychische Fähigkeiten stärker sind als ihre “Elisa” Persönlichkeit. Als “Ursula” arbeitet sie als Mitglied von FOX, während ihre “Elisa” eine Ärztin ist, die sich um Null kümmert und eine Informantin für Snake. Snake trifft Elisa, die Snake zunächst sagt, dass sie und Ursula Zwillingsschwestern sind, nur um später die Wahrheit zu erfahren. Zwei FOX-Mitglieder, die zuvor mit Snake in Verbindung gebracht wurden, sind Null (Larc Spies/Jun Fukuyama), ein jugendlicher Attentäter, der zum perfekten Soldaten ausgebildet wurde, und Python (Dwight Schultz/Yusaku Yara), ein ehemaliger Kriegskamerad von Snake, der zuvor während des Vietnamkriegs als tot angesehen wurde.
Weitere Charaktere sind Ghost (Brian Cummings/Naoki Tatsuta), ein Informant, der mit Snake in Kontakt kommt und die Existenz von ICBMG, dem neuen Metal Gear Prototyp Ocelot (Josh Keaton/Takumi Yamazaki), aufzeigt, ein ehemaliger Spetsnaz Major, der Gene hinter den Kulissen unterstützt, EVA (Vanessa Marshall/Misa Watanabe), ein Spion für die PLA, der Snake in Snake Eater und Raikov (Charlie Schlatter/Kenyu Horiuchi) unterstützt hat, ein GRU Major. Teliko Friedman (Kari Wahlgren/Yūko Nagashima) und Venus (Kathryn Fiore/Rika Komatsu), die Heldinnen von Metal Gear Acid bzw. Metal Gear Acid 2, können beide dem Kader des Spielers hinzugefügt werden, indem sie entweder bestimmte Nebenmissionen erfüllen oder den zweiten Durchgang mit Speicherdaten aus ihren jeweiligen Spielen starten.