Story
Gegen Ende des 20. Jahrhunderts entdeckt der Westen, dass im Inneren des Outer Heaven, einem befestigten Staat, der von einem “legendären Söldner” 200 km nördlich von Galzburg, Südafrika, gegründet wurde, eine Massenvernichtungswaffe gebaut wird. Die Spezialeinheit FOXHOUND schickt den Top-Agenten Gray Fox, um die Festung zu infiltrieren, die Situation zu beurteilen und die Bedrohung zu neutralisieren. FOXHOUND verliert einige Tage später den Kontakt zu Gray Fox, wobei seine letzte Übertragung “METAL GEAR….” ist. Um herauszufinden, was mit Gray Fox passiert ist, schickt der FOXHOUND-Kommandant Big Boss seinen neuesten Rekruten, Solid Snake, in einer Operation mit dem Codenamen Intrude N313 in das Gebiet.
Beim Eindringen in den Äußeren Himmel nimmt Snake Kontakt mit den lokalen Widerstandselementen Schneider, Diane und Jennifer auf. Mit all seinen Fähigkeiten und der Ausrüstung, die er sich vor Ort beschafft, gelingt es ihm, Fox zu retten. Fox erklärt, dass Metal Gear der Codename eines nuklear ausgerüsteten zweipedaligen Wanderpanzers ist, der in alle Formen des Kampfes eingreifen und Atomwaffen von jedem Ort aus starten kann. Outer Heaven plant, Metal Gear zu benutzen, um sich als neue Weltsupermacht durchzusetzen.
Um Metal Gear zu zerstören und die Söldner des Äußeren Himmels zu stürzen, rettet Snake den leitenden Metal Gear Engineer Dr. Pettrovich Madnar und seine Tochter Ellen. Der Wissenschaftler erklärt, wie Metallausrüstung zerstört werden kann, und Snake nimmt es mit den Truppen des Äußeren Himmels auf. Er beginnt jedoch zu bemerken, dass die ihm in den Weg gelegten Fallen zu präzise sind, und fragt sich, wie Informationen über seine Aktivitäten verfolgt werden. Big Boss fängt an, sich seltsam zu verhalten und sagt Snake schließlich, er solle die Mission abbrechen (die vierte Wand durchbrechen, indem er den Spieler auffordert, die Konsole auszuschalten). Außerdem wird Schneider von Feinden überfallen und gilt als tot, nachdem er den Kontakt zu Snake verloren hat.
Snake dringt in die Hauptbasis des Outer Heaven ein und holt Metal Gear heraus, bevor sie ihre Fertigstellung erreicht. Als er sicher aus dem Keller des Geländes entkommt, wird er mit dem Söldnerführer des Äußeren Himmels konfrontiert, der sich als Big Boss erweist. Der korrupte Anführer enthüllt, dass er seine Verbindungen genutzt hatte, um militärische Informationen zu stehlen, seine eigene Söldnertruppe aufzubauen und seine Aktivitäten zu finanzieren. Es war sein Ziel, den Äußeren Himmel zur größten Supermacht der Welt zu machen, die in der Lage ist, auch den Westen in die Knie zu zwingen. Er ließ den Neuling Snake einsenden, in der Hoffnung, ihn gefangen nehmen zu lassen und Fehlinformationen an die Behörden weiterzugeben, hatte aber offensichtlich die Fähigkeiten von Snake unterschätzt.
Nachdem er Metal Gear und viel von seiner Kraft verloren hat, beginnt Big Boss scheinbar die Selbstzerstörungssequenz für die Verbindung und verspricht, dass er nicht allein sterben wird; Snake wird sich ihm anschließen. Snake besiegt Big Boss in einer letzten Schlacht und entkommt dem Gelände des Outer Heaven, während es hinter ihm in Flammen zerfällt. Nach dem Abspann wird eine Meldung des Big Boss angezeigt, dass er Solid Snake wieder treffen wird.