Story
Gordon Freeman wird vom G-Man aus der Stasis geholt, der ihn in einen Zug einführt, der in City 17 ankommt. Nachdem Gordon am Bahnhof angekommen ist und sich den Combine-Streitkräften entzogen hat, schließt er sich den Lambda-Widerstandsmitgliedern an, darunter Barney Calhoun, ein ehemaliger Sicherheitsmann von Black Mesa, der jetzt undercover als Combine CP-Offizier arbeitet, und Alyx Vance, die Tochter eines ehemaligen Kollegen von Gordon, Dr. Eli Vance. Nach einem fehlgeschlagenen Versuch, Gordon aus Dr. Kleiner’s Behelfslabor nach Black Mesa East zu teleportieren, ist Gordon, ausgestattet mit dem HEV-Anzug und einem Brecheisen, gezwungen, zu Fuß durch das alte Kanalsystem der Stadt zu gehen. Nachdem er ein Luftboot erhalten hat, kämpft er sich nach Black Mesa East, einige Meilen von der Stadt entfernt.
Gordon wird Eli wieder vorgestellt und trifft Dr. Judith Mossman. Alyx stellt Gordon ihren großen Haustierroboter D0g vor und gibt ihm eine “Gravity Gun”, eine Waffe, mit der Gordon jedes große Objekt mit Leichtigkeit aufnehmen und bewegen kann. Black Mesa East kommt bald unter Combine Angriff und Eli und Mossman werden gefangen genommen, um in ein Combine Gefängnis, Nova Prospekt, gebracht zu werden. Gordon und Alyx sind gezwungen, getrennte Wege zum Nova Prospekt zu gehen; Gordon macht einen Abstecher durch die Stadt Ravenholm und erhält Hilfe von seinem letzten Überlebenden, Pater Grigori. Nach seinem Weg durch die Stadt und eine Mine macht sich Gordon auf den Weg zu einem Außenposten des Widerstandes. Gordon erhält einen Dünen-Buggy, mit dem er auf einer bröckelnden Küstenstraße zum Nova Prospekt fährt. Unterwegs trifft Gordon häufig auf Combine Patrouillen und hilft einem der Widerstandsführer, Colonel Odessa Cubbage, eine Widerstandsbasis vor einem Combine Kanonenboot zu verteidigen.
Nach der Überquerung eines von Ameisen befallenen Strandes betritt Gordon den Nova Prospekt, wo er mit Alyx wieder vereint ist. Sie finden Eli, entdecken aber auch, dass Mossman ein kombinierter Informant ist. Bevor sie sie aufhalten können, teleportiert sie sich und Eli zurück in die Zitadelle von City 17. Der Combine Teleporter explodiert, als Gordon und Alyx ihn benutzen, um dem Nova Prospekt zu entkommen.
Als er Kleiner’s Labor erreicht, verrät ein geschüttelter Dr. Kleiner Gordon und Alyx, dass sie in einem “langsamen Teleporter” gefangen waren, während dessen eine Woche vergangen war. In ihrer Abwesenheit hat der Widerstand, der von den Ereignissen am Nova Prospekt gehört hat, gegen den Mähdrescher mobilisiert und die Stadt 17 in ein Schlachtfeld verwandelt[28] Während der Kämpfe wird Alyx von dem Mähdrescher gefangen genommen und in die Zitadelle gebracht, und Gordon kämpft mit Hilfe von D0g und Barney durch die Stadt, um sie zu erreichen. In der Zitadelle ist er in einer Mähdrescherkammer gefangen, die alle seine Waffen außer der Schwerkraftkanone zerstört, die seine Fähigkeiten verbessert und Gordon erlaubt, zu entkommen und Züge von Mähdreschersoldaten zu entsenden.
Schließlich wird Gordon in einer Combine Transportkapsel gefangen genommen und zu Dr. Breens Büro gebracht, wo er und Dr. Mossman mit Eli und Alyx in Gefangenschaft warten. Dr. Breen beginnt, seine Pläne für die weitere Eroberung der Menschen durch das Kombinat zu erklären, im Gegensatz zu dem, was er Dr. Mossman gesagt hatte. Verärgert befreit Mossman Gordon, Alyx und Eli, bevor Breen sie von der Welt teleportiert. Dr. Breen versucht durch ein Portal zu entkommen, aber Gordon verfolgt ihn und zerstört den Portalreaktor mit der aufgeladenen Gravity Gun. Breen scheint durch die Explosion vernichtet worden zu sein. Kurz bevor Gordon und Alyx vermutlich ein ähnliches Schicksal erleiden, wird die Zeit eingefroren. Der G-Man taucht wieder auf und lobt Gordon für seine Taten in City 17 und der Zitadelle. Mit der vagen Erwähnung von “Angeboten für[Gordons] Dienste” versetzt ihn der G-Man zurück in die Stase.