Story
E.V.O. erzählt die Geschichte der Evolution des Lebens auf der Erde, mit einem Untertext eines Schöpfungsmythos und einer polytheistischen Evolution. Der Spieler übernimmt die Rolle einer von vielen Milliarden Lebensformen, die von Gaia, der pflegenden und wohlwollenden Tochter von Sol, der Sonne, geschaffen wurden. Unter den Kreaturen, die als Leben bekannt sind, gibt es einen Wettbewerb, um sich zu entwickeln, und die beste Lebensform wird schließlich das Privileg erhalten, den Garten Eden zu betreten und der Ehemann und Partner von Gaia zu werden. Im Laufe des Spiels wird schnell klar, dass mysteriöse äußere Kräfte die Evolution auf der Erde auf zerstörerische Weise stören. Auf dem ganzen Planeten erscheinen seltsame Kristalle, die nicht in Gaia heimisch sind, und Kreaturen, die die Kristalle essen, werden in monströse, mächtige Wesen verwandelt, die alle anderen Lebensformen dominieren, Ressourcen überbeanspruchen und den Fluss der Evolution stören. In jedem Zeitalter hat der Spielercharakter die Aufgabe, die von den Kristallen transformierte Spezies zu konfrontieren und zu besiegen, damit die Evolution des Lebens wie geplant weitergehen kann.
Im letzten Zeitalter, dem Zeitalter von Eden, erfährt der Spieler, dass ein mysteriöses Wesen die anderen Lebensformen der Welt kontrolliert und sie gegen den Spieler sendet. Diese Entität entpuppt sich als Bolbox, eine Lebensform, die sich zu einem freakigen und bösen fortgeschrittenen Wesen entwickelt hat, indem sie die Kristalle konsumierte und sich selbst als den ersten Menschen glaubte, aber in Wirklichkeit ein gigantischer einzelliger Organismus ist. In der letzten Schlacht des Spiels kämpfen der Spieler und Bolbox darum, wer den Eintritt in Eden erhält und Gaia’s Partner wird. Bolbox ist besiegt, und der Spieler schließt sich Gaia in Eden an und erhält das Geschenk der Intelligenz. Es wird auch enthüllt, dass die Kristalle von einer Hochkultur auf dem Mars auf die Erde gebracht wurden, die der Erde fehlgeleitet helfen wollte, indem sie ihre Entwicklung mit den Kristallen beschleunigte. Nachdem sie die Gefahren erkannt haben, die die Kristalle bergen, beschließen die Marsmenschen, die Erde in Ruhe zu lassen und zu beobachten, bis sie so weit fortgeschritten ist, dass sie mit ihnen interagieren können.