Story
Der Held des Lichts – Woche 1
Nur sechs Jahre nach der Zerstörung von Ganon durch den Helden Link in A Link to the Past[6] genießt Hyrule eine Zeit des Friedens und der Ruhe, aber Prinzessin Zelda leidet unter einem dunklen, wiederkehrenden Traum, der einen Schatten über einem Tempel zeigt; eine Vorahnung des Bösen, das kommen wird. Eines Tages sieht sie ein geheimnisvolles und brillantes Licht am Himmel im Osten. Aginah, der jüngere Bruder des Weisen Sahasrahla, der jetzt in seinem alten Versteck in der Nähe des Ostpalastes lebt, wird ebenfalls Zeuge eines solchen Lichts und reist zur Untersuchung. Dort findet er einen seltsamen Jungen, der auf dem Boden liegt. Zelda, ebenfalls dem Licht folgend, trifft sich mit Aginah, und beide tragen das Kind zur Ruhe in Sahasrahlas Versteck. Verwirrt durch die ungewöhnliche Kleidung der Jugendlichen glauben sie, dass das Kind nicht aus dem Dorf Kakariko kommt. Im Gespräch mit Aginah, während der Junge schläft, erfährt Zelda, dass auch sein Bruder Sahasrahla die Gefahr um Hyrule herum gespürt und das Land verlassen hat, um den Helden Link zu finden. Während Link noch nicht zurückgekehrt ist, spürt Zelda, dass er oder sie der Held des Lichts sein könnte, wenn diese neue Jugend mit Mut ausgestattet wäre.
Die Rückkehr der Monster – Woche 2
Einige Zeit nachdem Zelda aufbricht, um zum Schloss Hyrule zurückzukehren, erscheint ein Soldat, der den östlichen Palast bewacht, vor Aginah und behauptet, dass eine Horde von Monstern erschienen sei, die die anderen Wachen, die den Tempel beschützen, getötet hätten. Als einziger Überlebender gibt er diese Information trotz seiner Verletzungen an Aginah weiter. Aginah bleibt bei der Jugend und hofft, dass Zeldas Glaube an ihn oder sie wahr ist. Als das Kind erwacht, informiert Aginah den Jungen über die Monster, die ihr Land angreifen, und erklärt, dass es gefährlich ist, allein ohne Waffe zu gehen. Er sagt, dass ein Schwert und Schild im Ostpalast zu finden ist, aber er selbst ist zu alt, um dorthin zu gehen. Er verleiht der Jugend eine Ocarina und ein Insektenfangnetz von Saharshala, sowie eine Flasche mit einer magischen Goldenen Biene. Er informiert das Kind, dass die Biene Monster angreift, aber vor jedem flieht, der eine Klinge hält, und dass die Okarina benutzt werden kann, um zum Eingang eines Kerkers zurückzukehren. Damit begibt sich der neue Held auf seine Reise.
Die Tabletten – Woche 3
Nach der Beschaffung von Waffen und der Erforschung des östlichen Palastes und eines dunklen Verlieses, das sich hinter dem Wasserfall des Wunsches verbirgt, erhält der Held zwei mysteriöse Tafeln von den Dungeon-Meistern, den Armos-Rittern und Moldorm. Der Held rettet auch Zelda vor einem Monsterangriff und begleitet sie zum Schloss Hyrule. Nachdem die Quests des Helden in den Kerkern abgeschlossen sind, treffen er oder sie und Aginah sich mit Zelda im Schloss, um die ungewöhnlichen Tafeln zu studieren. Aginah kommt zu dem Schluss, dass sie zum Haus seines älteren Bruders in Kakariko Village reisen sollten, um nach Hinweisen zur Entschlüsselung der Markierungen zu suchen. Leider kann Aginah nichts Wichtiges über sie herausfinden, also fleht sie den Helden an, weiterzureisen und mehr von ihnen von den Kerkermonstern zu sammeln. Nachdem sie zwei weitere Tabletten erhalten haben, schlägt Zelda vor, stattdessen zu Link’s House zu reisen, um das Buch Mudora zu erhalten, das den Text übersetzen kann. Während Aginah das Haus durchsucht, fordert Zelda die Wahrsagerin auf, den Ort des Buches zu erahnen, während der Held weiter nach den Tafeln sucht. Aginah findet schließlich das Buch, woraufhin er und der Held sich mit Zelda im Schloss treffen.
Die Silberpfeile und der Dämonenkönig – Woche 4
Der übersetzte Text der Tafeln, geschrieben in der Sprache des alten Hyrule, besagt, dass eine versiegelte Macht, die Silberpfeile, auf dem Berg begraben ist. Aginah und der Held reisen zum Heiligtum am Fuße des Berges, aber Zelda folgt und behauptet, dass sie einen weiteren prophetischen Traum hatte, diesmal das Buch Mudora auf dem Berg des Todes. Zelda besteht darauf, mit dem Helden auf den Gipfel des Berges zu reisen, denn sie ist die Einzige, die das Buch Mudora lesen kann. Während ihrer Suche nach den letzten beiden Tabletten und dem Gipfel sieht die Wahrsagerin den König des Bösen in einer Vision. Ganons Bosheit hatte seinen Geist trotz der Zerstörung seines Körpers am Leben erhalten. Es war diese anhaltende böse Macht, die den Helden des Lichts in das Land von Hyrule gezogen hatte, und auf dem Gipfel reist der Held erneut in eine andere Welt, um in einer neuen Version von Ganons Turm einen verzweifelten Endkampf mit dem Dämonenkönig zu führen. Ganon wünscht sich, dass die Kraft des Helden des Lichts vollständig wiedergeboren wird, wird aber schließlich durch die Silberpfeile wieder zerstört.