Story
Das Spiel spielt nach der Katastrophe, einem katastrophalen Ereignis, das die Stadt Calondia und die umliegenden Gebiete der Spielwelt plötzlich in viele schwimmende Teile zerfetzte, ihre Ökologie störte und die meisten Menschen zu Asche machte. Die Spieler übernehmen die Kontrolle über den Jungen, einen stillen Protagonisten, der auf einem der wenigen verbliebenen Teile der alten Welt erwacht und sich auf den Weg zur gleichnamigen Bastion macht, wo jeder in schwierigen Zeiten hingehen sollte. Der einzige Überlebende, den er dort trifft, ist ein älterer Mann namens Rucks, der Erzähler des Spiels, der ihn anweist, die Kerne zu sammeln, die einst Caelondia angetrieben haben. Ein Gerät in der Bastion kann die Kraft der kristallinen Kerne nutzen, um Landmassen und Strukturen zu schaffen, und es dem Kind ermöglichen, über “Skyways”, die ihn durch die Luft treiben, weiter in die Ferne zu reisen.
Während seiner Suche trifft der Junge auf zwei weitere Überlebende: Zulf, ein Botschafter aus der Ura, unterirdische Menschen, mit denen Calondia einst im Krieg war; und Zia, ein Ura-Mädchen, das in Calondia aufgewachsen ist. Beide kehren in die Bastion zurück, aber nachdem sie ein Tagebuch gelesen haben, das der Junge entdeckt hat, beschädigt Zulf absichtlich Teile der zentralen Vorrichtung der Bastion (das Denkmal) und kehrt in das Gebiet der Ura zurück. The Kid erfährt, dass das Tagebuch Zias Vater Venn gehörte, der für die Calendrier gearbeitet hatte. Er hatte kalendischen Wissenschaftlern (“Mancers”) geholfen, eine Waffe zu bauen, die die Ura vollständig zerstören sollte, um einen weiteren Krieg zu verhindern. Venn richtete die Waffe so aus, dass sie nach hinten losging, so dass, als er schließlich gezwungen wurde, sie auszulösen, die resultierende Katastrophe auch den größten Teil von Calondia zerstörte.
Um Zulfs Schaden an der Bastion zu reparieren, beginnt der Junge, Splitter zu sammeln, eine kleinere Form von Kernen. Als er den vorletzten benötigten Splitter erhält, greifen die Ura die Bastion an, beschädigen sie und entführen Zia. In den nächsten sieben Tagen führt The Kid sporadische Gefechte im Ura-Gebiet durch. Als er schließlich durch einen Ura-Außenposten sprengt und Zia trifft, erzählt sie ihm, dass sie freiwillig mit der Ura gegangen sei, um ihre Absichten herauszufinden; Rucks hatte Zia zuvor gesagt, dass die Bastion die Fähigkeit habe, die Katastrophe irgendwie zu beheben. Der Junge reist in die einst unterirdische Heimat der Ura, um den letzten Splitter zu bergen. Dort entdeckt er, dass Zulf von seinem eigenen Volk angegriffen wird: Die Schlacht mit Kid hat die Ura-Kräfte verwüstet, und sie beschuldigen Zulf, den Kid zu ihrem Haus gebracht zu haben. Der Junge kann wählen, ob er seine Waffe fallen lässt, um Zulf zu helfen oder ihn zu verlassen. Wenn er Zulf zurücklässt, zerstört der Junge die Überreste der Ura und flieht durch eine Luftschleuse. Wenn er sich entscheidet, Zulf zu tragen, eröffnen die Ura-Bogenschützen zunächst das Feuer auf sie, hören aber letztendlich auf zu schießen und beobachten schweigend, wie der Junge und Zulf die Luftbrücke zurück zur Bastion nehmen.
Nachdem der Junge zurückkehrt und sich erholt hat, gibt Rucks ihm eine andere Wahl: Er kann die Bastion bis vor die Katastrophe zurückspulen lassen, in der Hoffnung, sie zu verhindern, oder sie benutzen, um die Überlebenden zu evakuieren und an einen sicheren Ort zu gehen. Rucks ist sich nicht sicher, ob es eine Möglichkeit gibt, das Wiederauftreten der Katastrophe zu verhindern, wenn die Zeit zurückgespult wird, da es keine Möglichkeit gab, den Prozess zu testen. Das Spiel endet so oder so und zeigt Bilder von den Charakteren (mit Zulf, wenn der Spieler ihn retten wollte), die wegfliegen oder von ihrem Leben vor der Katastrophe zusammen mit den Credits. Im New Game Modus, der nach einmaligem Schlagen des Spiels freigeschaltet wird, wird angedeutet, dass die Wiederherstellung der Welt die Katastrophe nicht verhindert hat.