Story
Die Handlungsstränge der drei Spielercharaktere sind unabhängig voneinander. Als Alien muss der Spieler den Alien-Bienenstock vor menschlichen Marines verteidigen, dann auf einem evakuierenden Raumschiff verstauen und das Marineschiff, die Ferarco, erreichen. Wenn das Selbstzerstörungssystem des Ferarco aktiviert ist, muss der Spieler den Fluchthubschrauber erreichen, der ihn zur Gateway-Station bringt. Hier erkundet der Spieler die Station und kämpft gegen weitere Marines und erreicht ein Schiff, das zur Erde abfährt. Vor dem Betreten des Schiffes kämpft der Spieler gegen zwei Raubtiere, woraufhin der Alien in das erdgebundene Shuttle eintritt.
Beim Spielen als Colonial Marine beginnt der Spieler an einer Forschungsstation auf LV-426, die gebaut wurde, um das verfallene Raumschiff zu studieren, wo die Nostromo-Crew zum ersten Mal auf die Alien-Eier im Film Alien (1979) traf. Außerirdische greifen an und der Spieler muss sich durch die Forschungseinrichtung, das verlassene Schiff und eine angrenzende Kolonie kämpfen. Als nächstes erkundet der Spieler die Atmosphärenverarbeitungsstation und schaltet seine Kühlventile ab, um eine Explosion zu verursachen, die die Aliens auslöscht. Der Spieler-Charakter entkommt in einem Drop-Schiff und reist zur Odobenus-Station im Orbit über dem Planetoiden, wo er gegen weitere Aliens, Predators, Facehuggers und kybernetisch verbesserte Aliens kämpft, bis er das Raumschiff Tyrargo erreicht. An Bord des Schiffes kämpft der Spieler gegen weitere Feinde, darunter einen Alien/Predator-Hybrid und “praetorianische” Aliens. Der Spieler kämpft dann gegen eine Alienkönigin und besiegt sie, indem er sie durch die Luftschleuse vertreibt.
Die Geschichte der Predator-Figur besucht drei verschiedene Planeten, beginnend mit dem Spieler, der Marines jagt, um ein gefangenes Predator-Schiff und seinen Insassen von einer menschlichen Militärbasis zu bergen. Aliens werden versehentlich in der Basis freigesetzt und der Spieler entdeckt, dass die Menschen einen Alien/Predator-Hybrid geschaffen haben, indem sie den gefangenen Predator mit einem Alien-Embryo implantieren. Der Spieler besiegt die Hybride, löst den Selbstzerstörungsmechanismus der Anlage aus und entkommt im Predator-Schiff. Der Spieler besucht Fiorina “Fury” 161, den Gefängnisplaneten von Alien 3 (1992), wo weitere Aliens und Marines gekämpft werden. Schließlich besucht der Spieler einen marinegesteuerten Alien-Lebensraum und kämpft gegen kybernetisch verbesserte Aliens, “praetorianische” Aliens und schließlich gegen die Alienkönigin.