Story
Die Schlacht tobte wütend auf Shang Tsung’s Inselfestung im verlorenen Meer. Während der Dämonenzauberer von seinem Thron aus zuschaut, finden mehrere Kämpfe statt. Der Shaolin-Mönch Liu Kang besiegt Shang Tsung, und der Riese Goro kommt zu seiner Verteidigung. Da Goro alle anderen ablenkt, schafft Shang Tsung ein Portal zur Außenwelt und zieht sich zurück. Raiden erscheint danach und warnt die verbliebenen Kämpfer, den Inselpalast zu verlassen, weil er ins Meer stürzt.
Alle, außer Liu Kang und Kung Lao, evakuieren und fliehen zurück zur Wu Shi Akademie. Liu Kang und Kung Lao müssen sich jedoch zu einem anderen Portal kämpfen, um zur Wushi Academy zu gelangen. Bei ihrer Ankunft treffen sie auf Baraka und die Tarkatan, die die Wu Shi Akademie angreifen. Die Tarkatans sind besiegt, aber Baraka erobert Sonya Blade. Raiden bestätigt, dass Shang Tsung versucht, Liu Kang und seine Verbündeten in die Außenwelt zu locken, wo er seinen Schergen befehlen kann, sie anzugreifen und seine Zeit für die Macht abzuwarten. Wenn es gelingt, wird Shang Tsung die Erde erobern, ohne ein Mortal Kombat-Turnier zu gewinnen, das betrügt.
Die Shaolin Mönche, Liu Kang und Kung Lao, reisen durch das albtraumhafte Reich der Außenwelt, um die Handlung des Zauberers zu stoppen. Sie werden von Raiden geführt und von Johnny Cage unterstützt. Auf ihren Reisen werden sie von einer mysteriösen Prinzessin namens Kitana begleitet, treffen bekannte Feinde und retten schließlich Sonya und stoppen Shang Tsung. Aber der Zauberer ist nicht der einzige Mensch, der die Erde will; der Kaiser der Außenwelt, Shao Kahn, will die Erde für sein Reich und er wird vor nichts zurückschrecken, bis er sie bekommt.