Story
Nach den Ereignissen von Wings of Liberty greifen die Truppen der Terranischen Herrschaft Sarah Kerrigan und ihre Verbündeten in einer Forschungseinrichtung auf dem Gebiet des Protektorats Umojan an. Kerrigan und andere Bewohner fliehen zum Flaggschiff von Raynors Raiders, der Hyperion, aber Commander Jim Raynor wird von der Dominion abgeschnitten. Der Hyperion entkommt, aber Kerrigan bleibt zurück, um Raynor zu lokalisieren, nur um eine Dominion-Nachrichtensendung zu hören, die verkündet, dass er gefangen und hingerichtet wurde. Wütend kehrt Kerrigan nach Zerg zurück, um die Kontrolle über den Schwarm wiederzuerlangen und die tyrannische Herrschaft zu stürzen.
Auf dem Vulkanplaneten Char unterwirft Kerrigan eine abtrünnige Brut, bevor er die Besatzungstruppen angreift. Kerrigan, in einem Zorn, zerstört eine Dominion Kommandofestung und tötet seinen Kommandanten, General Horace Warfield. Nach einem Sinneswandel lässt sie Verwundete und Unbewaffnete evakuieren. Auf dem gefrorenen Planeten Kaldir vernichtet sie die lokalen Protoss-Kräfte, reklamiert die lokale Brut und entwickelt den Schwarm, um im rauen Klima zu überleben.
Zeratul besucht Kerrigan und rät ihr, ihre Kräfte wiederzugewinnen, indem sie nach Zerus, der ursprünglichen Heimatwelt der Zerg, reist. Auf Zerus erfährt Kerrigan, dass ein gefallener Xel’Naga namens Amon dafür verantwortlich war, die Zerg zu dem zu machen, was sie sind: Ein kriegerischer Schwarm, gebunden an einen einzigen übergeordneten Willen. Einige urtümliche Zerg entzogen sich jedoch und blieben unabhängige, sich ständig weiterentwickelnde Kreaturen. Ein solcher Zerg namens Zurvan, bekannt als der “Alte”, liegt im Winterschlaf und muss von Kerrigan für sein Wissen über die Ursprünge des Zerg geweckt werden. Nach dem Erwachen rät Zurvan Kerrigan, ein ursprüngliches Laichbecken aufzusuchen, um ihre früheren Kräfte zurückzugewinnen. Kerrigan betritt das alte Laichbecken und verwandelt sich in eine ursprüngliche Königin der Klingen. Sie tötet und absorbiert die genetischen Essenzen von vier mächtigen feindlichen Urführern und Zurvan, nachdem sie versucht, ihre Essenz für sich selbst zu sammeln. Ein ursprünglicher Anführer namens Dehaka und sein Rudel schließen sich ihr an, vorausgesetzt, sie gibt ihnen Essenz zum Sammeln.
Kerrigan wird von einem Zerg-verseuchten Alexei Stukov kontaktiert, einem ehemaligen Vizeadmiral des United Earth Directorate, der offenbar von Duran in Braxis getötet wurde. Mit Stukovs Hilfe greift Kerrigan eine Forschungsstation an, in der Emil Narud, ein Diener des Amon, Protoss-Zerg-Hybriden züchtet. Nachdem er die Sicherheitskräfte der Dominion-Einrichtungen und Tal’Darim, die Narud treu ergeben sind, eliminiert hat, konfrontiert Kerrigan Narud mit einem Machtkampf. Narud verwandelt sich zuerst in Raynor und dann in Kerrigans menschliche Gestalt und spießt Kerrigan auf, bevor er tödlich verletzt wird. Indem er enthüllt, dass Amon wiederbelebt wird, stirbt er.
In der Zwischenzeit kontaktiert Kaiser Arcturus Mengsk Kerrigan und behauptet, dass Raynor am Leben gehalten und inhaftiert wird, als Verhandlungschip gegen Kerrigan, der die Thronwelt von Korhal IV angreift. Kerrigan leitet die Nachricht an die Hyperion weiter. Sie planen, das Dominion-Netzwerk zu hacken, um Raynor ausfindig zu machen, aber der einzige mit einer solchen Expertise ist Colonel Orlan, gefangen gehalten von Mira Han, einem Söldner, der sich weigert, ihn freizulassen. So greift die Hyperion den Bergbau von Mira an und zwingt sie zur Einhaltung. Orlan lokalisiert Raynor auf einem Gefängnisschiff, das ständig den Standort wechselt. Kerrigan greift das Schiff an und rettet Raynor, der durch Kerrigans Umkehrung der Form revoltiert wird. Obwohl er sich nicht dazu bringen kann, Kerrigan zu erschießen, sagt er ihr, dass sie trotz ihres Geständnisses, dass sie ihn liebt, fertig sind.
Nachdem alle Zerg unter dem Schwarm vereint sind, startet Kerrigan eine Invasion von Korhal, die sich auf die Hauptstadt Augustgrad konzentriert. Mit Hilfe von Dehaka und seinem Rudel zerstört sie Mengsks Psi-Zerstörer, ein Gerät, das den Schwarm aus der Ferne verletzt, aber auf den ursprünglichen Zerg unwirksam ist. Als Kerrigan den Schwarm zum Angriff auf Mengsks Palast schickt, drängt Kronprinz Valerian sie, ihre Invasion zu verlangsamen, um zivile Verluste zu minimieren; sie akzeptiert, da sie versteht, dass Valerian nicht wie sein Vater ist. Mitte der letzten Schlacht kommt Raynor, um Kerrigan zu unterstützen, sehr zu ihrer Überraschung. Gemeinsam gelingt es ihnen, den kaiserlichen Palast zu durchbrechen. In der folgenden Konfrontation offenbart Mengsk, dass er das Xel’Naga-Artefakt in seinem Besitz hat, um damit Kerrigan zu töten. Bevor Mengsk dies tun kann, greift Raynor ein und lässt Kerrigan Mengsk aufspießen. Kerrigan tötet Mengsk, indem er psionische Energie injiziert, die ihn zur Explosion bringt.
Als sich der Staub gelegt hat, dankt Kerrigan Raynor, bevor sie sich ihrem Schwarm anschließt. Mit ihrer Suche nach Rache verzichtet sie auf alles, was sie einmal war oder hatte, und bereitet sich darauf vor, Amon, dem Feind aller Lebewesen, in einem Konflikt zu begegnen, der nicht nur über das Schicksal des Koprulu-Sektors, sondern der gesamten Galaxis entscheiden wird.